Специалисты Губкинского краеведческого музея напомнили жителям историю появления города. Его назвали в честь академика Ивана Губкина.
Как сообщили в краеведческом музее, в 1939 году, после смерти академика, на его похороны ездила делегация КМАстроя. После возвращения горняки и строители решили, что рабочий посёлок при шахте должен называться именем учёного, руководителя и горячего энтузиаста КМА. В поселковом совете подготовили и оформили материалы, а затем направили их в Москву. 19 сентября 1939 года Президиум Верховного Совета РСФСР принял Указ об отнесении населённого пункта при шахте к категории рабочих посёлков и присвоении ему наименования «рабочий посёлок Губкин». Так родилось название города.
В августе 1931 года комиссия Наблюдательного совета по КМА приняла решение заложить у села Коробково первую шахту по добыче богатой железной руды. В августе 1932 года производственная районная конференция профсоюза рабочих горнорудной промышленности обратилась в Центрально-Черноземный облисполком с просьбой присвоить первой шахте КМА имя Ивана Губкина. Облисполком эту просьбу удовлетворил.
В 1960 году, когда ещё были живы многие из первопроходцев КМА, возникла идея: создать знак, увековечивающий их вклад в становление родного предприятия. Начали со списка добывавших первую руду. Результатом стала скромная мемориальная доска, смонтированная в механической мастерской комбината «КМАруда». Её открыли в 1971 году к 40-летию начала строительства шахты.
Прошло несколько лет. Начали готовиться к другому юбилею – 40-летию добычи первой руды, и руководство комбината приняло решение реконструировать мемориальную доску. Был заключён договор с Белгородским художественным фондом, скульпторы которого разработали эскиз новой доски. Она состояла из обрамленной металлическим уголком кирпичной стены, на которой закреплены три металлические плиты с текстами.
В 2011 году к 80-летию закладки шахты мемориальная доска была реконструирована и приобрела современный вид. Памятник Ивану Губкину на улице Победы бюст академика, выполненный из чугуна, первоначально, в 1964 году был установлен на центральной площади города.
В честь академика Губкина назван основанный им Российский государственный университет нефти и газа имени — главное высшее учебное заведение российской нефтегазовой промышленности. Основан 17 апреля 1930 года на базе нефтяного факультета Московской горной академии под названием Московский нефтяной институт. Директором Нефтяного института назначался академик Иван Губкин. Он возглавлял институт с 1930 по 1939 год.
За 90 лет университет подготовил свыше 100 тыс. дипломированных специалистов, кандидат ов и докторов наук. 21 сентября 2011 года в день 140-летия со дня рождения Ивана Губкина выпускники подарили своей альма-матер памятник её основателя.
Кроме того, имя учёного также присвоили городу Губкинский в Ямало-Ненецком автономном округе в 1986 году. Он возник как базовый центр при промышленным освоением самых северных в Западной Сибири нефтегазовых месторождений, перспективных по запасам углеводородного сырья, отличающегося уникальными свойствами. Основной отраслью промышленности является нефтегазодобывающая.